《方案》提出，此次医改将在分级诊疗制度、公立医院改革、人才科技、医药费用控制等方面实现突破。具体目标显示，到2020年，重庆个人卫生支出占卫生总费用的比例要降低到27%以下、公立医院药占比降低到30%以下、区县域内就诊率达到90%以上，基层医疗卫生机构诊疗量占区县域内总诊疗量比例达到75%以上、社会办医院床位数和服务量增加到25%左右。
医改的公益性决定了政府责任不容缺失，更离不开财政的大力支持。纵观重庆《方案》，财政与每项具体改革都如影随形。
医药分离，财政补差。《方案》明确，一方面，凡纳入改革范围的公立医院，要全面取消药品加成(中药饮片除外)，彻底破除以药养医的逐利顽疾。另一方面，又要建立起差异化的财政补偿机制。区县级公立医院通过药事服务费的方式予以补偿，市级公立医院通过调整医疗服务价格、加大政府投入和降低医院运行成本的方式予以补偿。
与此同时，要逐步把公立医院运转经费纳入预算管理，对各级政府负有投入责任的公立医院政策性债务，要纳入政府管理逐步予以化解，以强化成本核算与风险控制。
分级诊疗，财政疏导。为引导病患“基层首诊”，不盲目往大医院扎堆，真正形成“小病在社区，大病进医院，康复回社区”的理想就医格局，切实缓解“看病难、看病贵”问题。《方案》明确，要建立完善分级诊疗制度，在2016年开展50个病种在基层医疗机构首诊制度试点，并逐步扩大首诊病种范围。要探索基层签约服务制度，凡居民或家庭就近就便选择一家基层医疗保险定点医疗机构作为自己诊疗的签约单位。签约服务费由基本公共卫生经费等财政投入、签约居民付费分担，涉及医疗保险的服务项目由医保基金按规定支付。
完善医保，财政补短。《方案》明确，要进一步完善医疗保障制度。首先是稳基本。要巩固扩大基本医保覆盖面，健全稳定可持续的筹资机制，逐步提高城乡居民医保政府补助标准。其次是保急难。要健全重特大疾病保障机制，巩固完善城镇职工、城乡居民大病保险政策，对患者个人负担的合规医疗费用报销比例达到50%以上。要完善城乡医疗救助制度，提高救助标准，将因病致贫重病患者纳入医疗救助。要完善疾病应急救助制度，切实发挥托底救急作用。
夯实基层，财政多助。巩固完善基层卫生综合改革是医改攻坚的“最后一公里”，也是“最难的一公里”，决定“成败的一公里”。要真正实现基层医疗机构“门可罗雀”向“门庭若市”转变，不仅要确保基层卫生组织能良性运转，而且还要畅通人才进出机制。《方案》明确，除将基层医疗卫生机构基本支出和基本公共卫生服务支出纳入年度财政预算外，还要探索以民办公助的形式加强社区卫生服务站的建设和设备配置补助。通过政府购买服务的方式对社区卫生服务站和村卫生室提供的公共卫生服务给予补助。落实乡村医生专项补助、基本公共卫生服务经费补助、一般诊疗费补助、基本药物制度补助、村卫生室运行补助等5个方面的补助资金。
同时，要落实政府办基层医疗机构收支结余按规定提取职工福利基金和奖励基金的政策，并给予乡镇工作补贴。要完善乡村医生养老退出机制，支持和引导在岗乡村医生按规定参加城镇职工养老保险或城乡居民养老保险。
