"十二五"期间，重庆医疗卫生方面累计投入1000多亿元，年均增长36%,高于同期一般公共预算支出增幅近20个百分点。2015年当年，投入达到315亿元。从占比看，全市医疗卫生方面投入占一般公共预算支出的比重，提高到8.3%,比全国平均水平高0.5个百分点。从结构看，我市医疗卫生投入中，一半以上用于支持建设覆盖全民的医保体系，1/3以上用于推动医药体制改革。
2015年，重庆安排居民医保投入103亿元，覆盖2678万人。安排低保、优抚等困难群众医疗救助及资助参保16亿元，缓解困难群众看病支出压力。基本构建了以社会救助为托底，以社会保险为主体的医保资金保障制度。通过政府购买服务方式，建立村医生补助机制，人均补助每年可达到2.6万元，有力支持了乡村医生队伍建设。
为提高公共卫生水平，2015年，重庆投入近12亿元，落实计划免疫、健康档案等12类41项基本公共卫生服务资金需要，人均基本公共卫生服务经费标准从2009年设立之初的15元提高到45元。投入1亿多元，支持实施农村妇女住院分娩、两癌筛查等重大公共卫生项目。
2016年，重庆市财政将对新增加的12个试点区县进行资金补助，市级财政对每个试点区县补助300万元。同时，为支持公立医院取消药品加成，对市级通过调整医疗服务价格、加大政府投入、降低医院运行成本予以补偿。对新纳入的区县公立医院，继续通过药事服务费给与补偿。
