但是随着改革的深入，各大公立医院也在不断失去原本的创收渠道，随之而来的就是不可避免的亏损。而对于公立医院院长和医院管理者来说，肯定要努力控制和尽量减缓这种非常难以接受和适应的亏损。但是，从理论上讲，这种公立医院大面积的亏损究竟是好是坏还很难预测，而且究竟是该让它继续亏损下去，还是通过政府支持和医院运营去弥补这种亏损，也尚未定论。
第一，公立医院取消“以药补医”政策，是公立医院全面亏损的导火线。近十年来中国公立医院赖以生存的关键经济因素，主要是药品差价的支撑。除了极少数国家级和省级以上医学中心和大医院以外，绝大多数的地市县级以上公立医院，约占全国公立医院的80%-90%左右，政府对于公立医院的投入和支撑都是力度不够的。也就是说，公立医院几乎都是无法依靠各级财政的投入和医疗服务收费来维持公立医院生存与发展的。在这种状况下，公立医院实行药品的零差率，就直接让绝大多数公立医院失去了药品费的主要支撑，立即引起经营的失衡和亏损。
第二，政府的支持和投入的增加，能否弥补药品零差率之后带来的亏损?从目前中国各地医改的试点情况来看，还是比较困难的。一些地方政府试图通过政府投入的增加和调整部分医疗收费价格来弥补这样的亏损，或者说是改变公立医院对药品费的依赖性。但是效果确实是十分需要引起重视和分析，不能简单的说公立医院不应该亏损，也不应该简单的说公立医院不应该去除对于药品的畸形依赖，关键是应当怎么办?
第三，医保应当在公立医院取消药品加成率方面，发挥更多和更大的作用。其实，现阶段中国的公立医院对于政策的依赖性，从某种程度上来说，医保比财政重要，医保政策比财政投入能够起到更大的调节作用。福建等地实施的医保对于药品的定价、谈判和支付的改革，无疑也是一种积极的改革信号。医保必须参与公立医院改革。医保对于公立医院结算政策的改革和对于公立医院药品购销活动的参与定价和支付。或许，也还是一条公立医院改革的发展新路。
第四，公立医院院长和医院管理者的运营压力应当释放，必须调整理念看亏损。绝大多数的院长们可能也要转变改革和发展理念，不要总是将公立医院的经营业绩看作是自己的管理成绩。可能还是需要更多的突出公立医院的公益性责任，以及救死扶伤，全心全意为人民服务的天职。公立医院不姓公?不对!公立医院看病贵?也不对!公立医院不必过度经营，可能也是一个新理念，在利与义的面前，公立医院可能必须重新思考取舍和大义，这一点虽然很难，但是可能真的必须这样认识才行。
