对医院因改革减少的药品加成收入，按照总量控制、结构调整的原则，通过调整部分长期价格较低、背离医护人员技术劳务价值的医疗服务价格，给予适当补偿。主要是提高护理费、注射费、手术费、部分中医治疗费等，按照国家医疗项目规范，归并了挂号费、诊查费、换药费，以及偏低的床位费等。总的算账，提高的医疗服务收入，少于医院减少的药品加成和大型设备检查收入，也就是说降的多、涨的少。补偿不足部分，通过增加财政投入，医院科学管理，降低成本解决。
为减轻整体患者负担，调整后的医疗服务价格全部纳入医保报销范围，如：原不报销的各级挂号费并入诊查费后，纳入医保报销范围;适当提高了床位费报销定额标准等。改革后城乡居民医保门诊报销范围扩大到综合改革的二级医院，基层医疗机构药品报销范围扩大到基本医疗保险药品目录，对基层医疗机构为高血压、糖尿病患者开具的长期处方，按规定予以报销。
