在参加“医院改革与人才工程高层研讨”暨上海交通大学中国医院发展研究院、医药卫生人才工程上海培养基地挂牌仪式上，陈竺做了“中国公立医院改革的顶层设计”主旨演讲。
作为深化医改绕不开的“堡垒”，承担90%以上诊疗任务的公立医院，是新医改的重点和难点之一。
陈竺指出，目前我国医疗机构实施的按项目付费、药品加成等，构成以药养医的补偿机制，不仅落后，更构成对医务人员的腐蚀，鼓励医院以创收为导向，造成药价虚高、诱导服务、医患关系紧张、看病贵等一系列问题，可以说在这样的补偿机制下，公立医院无力控费用;应借鉴和开展按病种付费等改革探索，优化质量、优化服务、降低成本、控制费用。
陈竺指出，广大公立医院作为向人民群众提供基本医疗卫生服务的平台，必须体现公益性。目前中国每千人床位数与发达国家差距正逐步缩小，但是在周转率等方面与发达国家差距仍十分明显。三级医院的床位周转率普遍超过100%，县级医疗机构超过90%，但是一级医院，包括乡镇卫生院还不到60%。医改必须推进区域卫生规划，优化优质医疗资源布局;完善医疗服务体系，使之布局合理，上下联动，包括实施分级诊疗、社区首诊、双向转诊等。同时，改革医疗机构内部管理，提高医疗质量，优化服务流程。
陈竺还表示，未来医疗机构改革中应该为民营医院留出空间。2010年的数据显示，中国私立医院数量已经超过7000所，占医疗机构总量的30%，但民营医院床位数只占总数的11%。非公立医院发展，需要多方多措施支持，包括完善商业保险和补充医疗保险;改革社会办医的执业环境，允许医生多点执业等。
去年12月3日，我国出台鼓励和引导社会资本兴办医疗机构的政策。相关部门负责人表示，平衡公私医疗服务机构发展，给非公立医疗机构留出足够发展空间，落实各项优惠策，加强医疗安全质量监管，加快形成多元化的办医格局。要建立富有活力的市场竞争机制，鼓励社会资本以多种形式举办医疗机构。毋庸置疑，新医改将会给有心在医疗产业发展的民营企业带来发展良机。
