《办法》共分八章三十一条。《办法》明确强制医疗执行检察的任务是保证国家法律法规在强制医疗执行活动中正确实施，维护被强制医疗人的合法权利，保障强制医疗执行活动依法进行；强制医疗执行检察的职责包括对法院、公安机关的交付执行活动以及对强制医疗机构的收治、医疗、监管等活动是否合法实行监督，对强制医疗执行活动中发生的职务犯罪案件进行侦查等。《办法》规定强制医疗执行检察职责由检察院刑事执行检察部门负责。针对目前我国强制医疗机构的名称和管理体制没有明确规定的实际情况和有关文件规定，《办法》规定检察院对强制医疗所的强制医疗执行活动可以实行派驻检察或者巡回检察，对受政府指定临时履行强制医疗职能的精神卫生医疗机构应当实行巡回检察。
为了防止正常人"被精神病"和应当被追究刑事责任的人"假精神病"问题的出现，《办法》第九条、第二十二条分别规定：检察院发现强制医疗机构收治未被法院决定强制医疗的人的，应当依法及时提出纠正意见；检察院发现被强制医疗人不符合强制医疗条件，法院作出的强制医疗决定可能错误的，应当在五个工作日以内报经检察长批准，将有关材料转交作出强制医疗决定法院的同级检察院，收到材料的检察院公诉部门应当在二十个工作日以内进行审查，并将审查情况和处理意见书面反馈负责强制医疗执行监督的检察院。
为依法保障被强制医疗人的合法权益，《办法》规定了检察机关依法对强制医疗机构的医疗、监管活动及解除强制医疗活动进行监督，发现有殴打、体罚、虐待或者变相体罚、虐待被强制医疗人，违反规定对被强制医疗人使用约束措施，没有依照规定保障被强制医疗人生活标准，没有依照规定安排被强制医疗人与其法定代理人、近亲属会见、通信，没有定期对被强制医疗人进行诊断评估，对于不需要继续强制医疗的被强制医疗人没有及时向作出强制医疗决定的人民法院提出解除意见等违法情形的，应当依法及时提出纠正意见。《办法》同时规定，检察院应当及时审查处理被强制医疗人及其法定代理人、近亲属的控告、举报和申诉；应当在强制医疗机构设立检察官信箱并定期开启检察官信箱；检察人员应及时与要求约见的被强制医疗人或者其法定代理人、近亲属等谈话，听取情况反映，受理控告、举报、申诉等。
此外，《办法》还规定了检察机关发现强制医疗执行活动中执法不规范、安全隐患等问题的检察建议制度，发现在强制医疗活动中公安机关、法院、强制医疗机构工作人员违法违纪行为的处理程序，以及检察人员在强制医疗执行监督中违纪违法的责任追究制度。针对检察机关对2013年以前公安机关决定强制医疗的精神病人被执行强制医疗的活动是否要监督的争议，《办法》明确了2012年底以前公安机关依据刑法第十八条的规定决定强制医疗且2013年以后仍在强制医疗机构执行强制医疗的精神病人，检察机关应当对其被执行强制医疗的活动实行监督。
