参加合作医疗的农民，无论门诊诊或住院，实际发生的医疗费用，只要符合合作医疗相关规定，均可获得一定比例的补偿。
1、门诊补偿。参合农民在定点医疗机构门诊就医，其医药费用，可按县市制定的门诊补偿办法及补偿程序，获得补偿，但在非定点医疗机构就医的不予补偿。
2、住院补偿。参合农民因病需住院治疗，必须在合作医疗定点医疗机构住院，其补偿方式及补偿比例，需按县市制定的实施细则（方案）要求进行补偿。
（1）参合农民在定点医疗机构住院治疗所发生的医疗费用，首先扣除起付标准规定的数额，再扣除超出基本用药目录范围的药品费和有关特殊检查费后，按比例补偿。起付标准，按不同级别的医疗机构确定。越是基层医疗机构，起付标准越低。越是上级医疗机构，起付标准越高。
确定起付标准，是按一级医院（乡镇卫生院）、二级医院（县市级医院及部分州级医院）、三级医院和省级及以上医院四个等级划分的。
（2）参合农民在定点医疗机构住院发生医疗费用，减去起付标准的金额。再减去应当自付的部分金额，就是计算补偿的范围。以此为基数。按补偿比例计算出应当补偿参合人的具体数额。
具体补偿比例，也是按照一级医院、二级医院、三级医院和省级及以上医院级别确定的。具体比例分别为60％、50％、30％、20％。个别县市在制定方案时，适当提高了基层定点医疗机构的补偿比例，属正常情况。
